L'organo di indirizzo politico dell'Istituto degli Innocenti è il Consiglio di Amministrazione.
E' formato da  5 membri che durano  in carica 5 anni,  di cui  3 nominati dalla Regione Toscana,  1 dal Comune di Firenze e 1 dalla Città Metropolitana.
Il Presidente del Consiglio di Amministrazione è individuato tra i membri nominati dalla Regione, ed è il rappresentante legale dell’Azienda.
Lo Statuto riporta agli artt. 6, 7, 8 le funzioni del Presidente del Consiglio di Amministrazione,  la nomina, la durata e le funzioni del Consiglio.

Con delibera del Consiglio di Amministrazione n. 26 dell'11/09/2012 è stata disposta la sospensione degli emolumenti (gettoni e indennità) ai membri del CDA, ai quali sono quindi rimborsate soltanto le spese sostenute in ragione della carica secondo la normativa vigente. Non sono ancora stati modificati i corrispondenti articoli dello Statuto e del Regolamento di Organizzazione in attesa della decisione della Regione Toscana che deve legiferare sulla materia.

Il Consiglio di Amministrazione si è insediato in data 24.01.2022

E' così composto:

• Maria Grazia Giuffrida, presidente - nomina Regione Toscana con deliberazione del Consiglio Regionale n. 110 del 21/12/2021
• Giuseppe Sparnacci, nomina Regione Toscana con deliberazione del Consiglio Regionale n. 110 del 21/12/2021
• Francesco Neri, nomina Regione Toscana con deliberazione del Consiglio Regionale n. 110 del 21/12/2021
• Mariangela Bucci, nomina Città Metropolitana con decreto del Sindaco Metropolitano n. 19 del 23/21/2021
• Loredana Blasi, nomina Comune di Firenze con decreto del Sindaco n. DEC/2022/00001 del 14/01/2022

La Presidente Maria Grazia Giuffrida è stata nominata con delibera del Consiglio di Amministrazione n.1 del 24.01.2022

L'altro organo previsto dalla legge Regione Toscana n. 43/2004 per le ASP, è il Collegio dei Revisori, che è composto da tre membri, due nominati dalla Regione Toscana e uno dal Consiglio di Amministrazione dell'Istituto degli Innocenti (Deliberazione del Consiglio di Amministrazione dell’Istituto degli Innocenti n. 3 del 24/1/2022). Al suo interno il Collegio elegge il Presidente. La Regione Toscana ha eletto i due membri di competenza regionale con Deliberazione del Consiglio Regionale n. 111 del 21/12/2021.

I membri del Collegio dei Revisori sono:

• Dr. Stefano Parati
• Dr.ssa Sara Ermini
• Dr. Antonio Martini